در اوایل دههٔ ۱۹۶۰ میلادی، دولت شوروی تصمیم گرفت، رودخانه‌های آمودریا (جیحون) و سیردریا (سیحون) که بیشتر آب دریاچه آرال را تأمین می‌کردند به سوی بیابان‌های آسیای میانه تغییر مسیر دهد تا پنبه، برنج، صیفی‌جات و غلات در این مناطق کشت شود. این برنامه برای آن بود تا شوروی به یک صادرکنندهٔ عمدهٔ پنبه تبدیل شود. این اتفاق سرانجام افتاد و امروزه ازبکستان بزرگترین صادرکنندهٔ پنبه‌است.
ساخت کانال‌های آب بر روی این دو رود از دههٔ ۱۹۴۰ آغاز شده بود. بیشتر کانال‌ها بد ساخته شده و آب آن درز کرده یا تبخیر می‌شد. در کانال قره‌قوم که بزرگترین آن‌ها بود ۳۰٪ تا ۷۵٪ آب هدر می‌رفت. اکنون هم تنها ۱۲٪ کانال‌های ازبکستان آب را هدر نمی‌دهند.
از سال ۱۹۶۰ میلادی، هر سال ۲۰ تا ۶۰ کیلومترمکعب آب، به جای دریاچه آرال به سوی بیابان می‌رفت. بیشتر آبی که در گذشته به دریاچهٔ آرال می‌ریخت، تغییر مسیر داده بود. از دههٔ ۱۹۶۰ دریاچه آرال کوچک شدن خود را آغاز کرد. از ۱۹۶۱ تا ۱۹۷۰ هر سال به‌طور میانگین ۲۰ سانتی‌متر از ژرفای آب این دریاچه کاسته شد. در دههٔ ۱۹۷۰ این رقم به ۵۰ تا ۶۰ سانتی‌متر و در دههٔ ۱۹۸۰ به ۸۰ تا ۹۰ سانتی‌متر رسید. از ۱۹۶۰ تا ۲۰۰۰ میلادی، آبی که برای کشاورزی مصرف می‌شد به دو برابر رسید. کشت پنبه هم در این دوره دو برابر شد.
نابودی دریاچه برای شوروی‌ها عجیب نبود و آن‌ها از ابتدا انتظار آن را داشتند. اما این تصمیم در شورای وزیران و پولیت‌بورو گرفته شده‌بود و شخصی در سطوح پائین‌تر نمی‌توانست به آن اعتراض کند. واکنش‌ها به نابودی تدریجی آرال متغیر بود. برخی کارشناسان شوروی دریاچهٔ آرال را «خطای طبیعت» توصیف کرده و نابودی آن را غیرقابل اجتناب می‌دانستند. اما از سوی دیگر طرحی در دههٔ ۱۹۶۰ پیشنهاد شد که رودخانه‌های حوضهٔ آبریز اوب با یک پروژهٔ کانال‌کشی عظیم به آسیای مرکزی منتقل شود که پر کردن دریاچهٔ در حال خشکیدن آرال یکی از اهداف این طرح بود. این طرح در نهایت به علت هزینهٔ بسیار زیاد و مخالفت افکار عمومی در ۱۹۸۶ میلادی کنار گذاشته شد.
از ۱۹۶۰ تا ۱۹۹۸ میلادی، حدود ۶۰٪ سطح دریاچه خشکید. مساحت این دریاچه از ۶۸ هزار کیلومتر مربع در سال ۱۹۶۰ میلادی به ۲۸٬۶۸۷ کیلومترمربع، هشتمین دریاچه دنیا، در سال ۱۹۹۸ رسید. در این مدت درصد نمک آب هم از ۱۰ گرم در لیتر به ۴۵ گرم در لیتر رسید.
در سال ۲۰۰۳ دریاچهٔ آرال جنوبی با سرعتی بیشتر از پیش‌بینی‌ها شروع به خشکیدن کرد. چون در بخش‌های عمیق‌تر آن بخش زیرین آب شورتر از بخش روئی بود و آب زیر و رو با هم ترکیب نمی‌شدند به همین دلیل گرمای تابستان فقط به روی آب می‌رسید و آن را با سرعتی بیش از حد انتظار تبخیر می‌کرد. در همین سال دریاچهٔ جنوبی به دو دریاچه در شرق و غرب خود تقسیم شد.
